Ο Γρηγόριος Ε΄  εξέδωσε αυστηρές εγκυκλίους για την καθαίρεση των φιλοσοφικών μαθημάτων, τη λογοκρισία των κυκλοφορούντων βιβλίων, την απαγόρευση της ονοματοθεσίας των βαπτιζομένων με ελληνικά ονόματα κ.α. Εξέδωσε ακόμα τέσσερες αφοριστικές εγκυκλίους κατά του Υψηλάντη, του Σούτσου, της επανάστασης κ.τ.λ. Κατά την διάρκεια της πρώτης πατριαρχίας του, έξι μήνες μετά την εκτέλεση του Ρήγα Βελεστινλή (Ιούνιος 1798), ο Γρηγόριος Ε΄ με εγκύκλιό του την 1η Δεκεμβρίου 1798 καταδίκασε το Σύνταγμα του Ρήγα, «ότι πλήρες υπάρχει σαθρότητος εκ των δολερών αυτού εννοιών, τοις δόγμασι της ορθοδόξου ημών πίστεως εναντιούμενον», κι εφιστούσε την προσοχή των αρχιερέων για τον κίνδυνο από την κυκλοφορία του.

Έξι μήνες μετά την εκτέλεση του Ρήγα, ο Γρηγόριος Ε΄ με πατριαρχική εγκύκλιο διέταζε τους μητροπολίτες να κατάσχουν ό,τι αντίτυπα του Συντάγματός του κυκλοφορούσαν στις περιοχές τους.

Το πλήρες κείμενο της εγκυκλίου του Γρηγορίου Ε΄

για την καταδίκη του Ρήγα

     « ΓΡΗΓΟΡΙΟΣ κ.τλ.

     » Ιερώτατε μητροπολίτα Σμύρνης, υπέρτιμε και έξαρχε Ασίας εν αγίω πνεύματι αγαπητέ αδελφέ και συλλειτουργέ της ημών μετριότητος, κυρ Άνθιμε, χάρις είη τη αρχιερωσύνη σου και ειρήνη από Θεού! 

    » Δια της παρούσης ημετέρας πατριαρχικής επιστολής δηλοποιούμεν τη αρχιερωσύνη σου, ότι συνέπεσεν εις χείρας ημών εν σύνταγμα εις μίαν κόλλαν χαρτί ολόκληρον, μεγάλην, εις απλήν φράσιν ρωμαϊκήν (σ.σ. ελληνική), επιγραφόμενον “Νέα Πολιτική Διοίκησις των κατοίκων της Ρούμελης, των μικρών εν τη Μεσογείω νήσων και της Βλαχομπογδανίας”, και ανεμνήσθημεν του ποιμαντορικού χρέους. 

     » Και δια τούτο γράφομεν τη αρχιερωσύνη σου να επαγρυπνής εις όλα τα μέρη της επαρχίας σου με ακριβείς ερεύνας και εξετάσεις, όταν εμφανισθή τοιούτον σύνταγμα, ως άνωθεν, εις Τύπον η χειρόγραφον, να συνάξης άπαντα τα διασπειρόμενα, και να τα εξαποστέλλης εις ημάς εν τάχει, μη επιμένων τα πλείονα, αλλʼ αμέσως όσα αν εμπίπτωσι κατά μικρόν να εξαποστέλλης. 

Η πατριαρχική εγκύκλιος του Γρηγορίου Ε΄ (1798), 

όπως εκδόθηκε από το Ευρωπαϊκό Πολιτιστικό Κέντρο Δελφών 

(Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, 1998).

     » Και πρόσεχε, αδελφέ, ίνα μη φανής παραμελών εις την τοιαύτην ποιμαντικήν και άγρυπνόν σου ταύτην αρχιερατικήν επιστασίαν· και εκ της επαρχίας σου εμφανισθή τοιούτον σύνταγμα διασπειρόμενον και δεν το φανερώσης προς ημάς και δεν εξαποστείλης τα τοιαύτα, αλλά διʼ άλλου τινός η σταλθή ενταύθα η ακουσθή, ότι αποδεικνύεις σεαυτόν ανίκανον και του ποιμαντικού χρέους ελλειπέστατον και αγρήγορον· και εκ τούτου υποπίπτεις εις ανυποληψίαν και ποινήν παρά Θεού και της εκκλησίας εξ αποφάσεως. 

     » Ούτω ποίησον και μη άλλως, εξ αποφάσεως, ίνα και η του Θεού χάρις είη μετά της αρχιερωσύνης σου!

     αψϞή. Δεκεμβρίου ά.

     † Ο Κωνσταντινουπόλεως εν Χριστώ αδελφός ΓΡΗΓΟΡΙΟΣ»